Il devint, avec sa femme Mme Roland (Manon), suspect au yeux des Montagnards après avoir tenté de sauver Louis XVI et condamné les massacres de Septembre.
En mars 1792, il devint ministre de l’Intérieur, à la surprise générale (personne ne le connaissait), jusqu’au 13 juin; ses amis girondins ne pouvaient être ministres puisque députés. Congédié (avec Clavière et Servan) par Louis XVI, pour lui avoir écrit une lettre insolente, il fut l’un des approbateurs de la journée du 20 juin 1792 (le peuple envahit les Tuileries). Revenu au ministère après l’insurrection du 10 août 1792 (prise des Tuileries), il ne put éviter le vol du Garde-Meuble, le 17 septembre : sa popularité baissa, et il s’aliéna Danton. Son élection à la Convention par la Somme ayant été annulée, il resta à son ministère. Le 29 octobre, il était encore accueilli par des applaudissements à la Convention.
Après cette date, la presse patriote ne le ménagea plus, d’autant plus qu’il se montra étonnamment imprudent quand il inventoria seul les papiers de l’armoire de fer de Louis XVI, le 20 novembre 1792; à la suite de quoi, il fut accusé d’avoir caché des documents. Il perdit pied face aux attaques des Montagnards, qui le traînèrent dans la boue, ainsi que Manon. Il donna sa démission le 23 janvier 1793. Le 31 mai, pendant que la foule parisienne faisait pression sur l’Assemblée, il fut arrêté chez lui. Il put s’enfuir, se cacha à Montmorency chez Bose d’Antic, puis à Rouen. Quand il apprit le 15 novembre 1793 l’exécution de Manon, qu’il adorait, il sortit dans la campagne et se frappa au cœur avec une canne-épée.