La guerre entre les Girondins et les Montagnards était tellement implacable que Brissot n’avait aucune chance de vaincre.
Élu à la Convention, il était dénoncé par Chabot, dès le 23 septembre, pour avoir qualifié un parti de la Convention de désorganisateur. Couvert d’injures, il tint bon, et vota pour l’appel au peuple et la mort avec sursis, lors du procès du Roi (il était devenu impopulaire). Accusé par Robespierre, en avril 1793, d’avoir comploté avec Dumouriez au sujet de la déclaration de guerre, et exaspéré par les Montagnards, il osa demander la fermeture des Jacobins et la dissolution de la Commune de Paris.
Le 2 juin 1793, il était décrété d’arrestation, comme chef d’une conspiration contre la République. Le surlendemain, il prit la fuite, fut intercepté à Moulins et ramené à Paris le 22 juin, pour être incarcéré. A l’Abbaye, puis à la Conciergerie, il écrivit ses Mémoires et réussit à correspondre avec certains de ses amis, dont Mme Roland, emprisonnée à Sainte-Pélagie. A son procès, il fut accusé d’avoir rédigé la pétition du Champ-de-Mars pour faire massacrer les patriotes, d’avoir amassé des millions, et finalement d’être royaliste. Le 30 octobre 1793, il fut condamné à mort, avec ses collègues girondins, et exécuté le lendemain. Plusieurs des conventionnels montagnards, pourtant ses ennemis, allaient comprendre combien ces accusations étaient absurdes, notamment Camille Desmoulins, et plus tard Baudot.