Depuis la défaite des armées allemandes devant Stalingrad, il a senti le vent tourner et est soucieux de survivre au IIIe Reich dont il pressent que les mois sont comptés. Le SS assure à Duckwitz qu'en cas de départ illégal des juifs, il n'aurait pas les moyens de les en empêcher. Duckwitz obtient alors le concours de Friedrich Wilhelm Lübke, chef des transports maritimes à Aarhus. Celui-ci prétexte que ses navires sont en mauvais état et qu'il faut faire venir deux bateaux de Pologne pour transporter les juifs. Duckwitz utilise ce répit pour monter une opération avec la Résistance et l'influent parti social-démocrate danois — trois futurs ministres-présidents du Danemark participent aux entretiens secrets. Une action d'envergure est mise sur pied. Il s'agit rien moins que de procéder à l'exfiltration des milliers de juifs danois. Le diplomate allemand a même envoyé un émissaire à Stockholm pour prévenir les autorités suédoises de l'opération afin qu'elles se préparent à accueillir toutes ces personnes. Informé par les résistants, le rabbin Markus Melchior prévient à son tour ses fidèles; ils doivent passer dans la clandestinité et se préparer au départ. L'évêque de Copenhague, Hans Fuglsand-Damgaard, proteste auprès des autorités allemandes contre la persécution des juifs et fait lire en chaire dans toutes les églises du pays une déclaration hostile aux mesures allemandes.
Des dizaines de bateaux de pêcheurs danois et de petites embarcations se relaient alors et prennent la mer. À leur bord, plus de 7 000 personnes, vieillards, hommes, femmes et enfants voguant vers la Suède. Curieusement, la marine allemande ne remarque rien : te commandant du port est un ancien collègue et ami de Duckwitz. Et des amis, le diplomate allemand n'en manque pas. Ils lui permettent même d'échapper à la Gestapo. Quand il revint en 1955 à Copenhague comme ambassadeur de la République fédérale, il fut reçu en ami par les plus hautes autorités du pays.

Georg Ferdinand Duckwitz était, lui, un diplomate. Étudiant en droit, il était entré au parti nazi avant 1933. Connaissant bien le Danemark où, avant guerre, il avait été le représentant de la firme de Brême Kaffee HAG, il y avait été nommé par Ribbentrop responsable des questions maritimes à la mission d'Allemagne, un poste qui lui permit de sauver 7 000 juifs danois. En août 1943, le Danemark est sous la coupe du général SS Werner Best, qui avait fait ses classes chez Heydrich. Pour se ménager les bonnes grâces du Führer, Werner Best propose dans un télégramme adressé à Berlin de faire déporter dansun camp d'extermination de Pologne 8000 juifs danois. Dans son télégramme, il précise cependant qu'il a des problèmes de logistique et qu'il faut lui envoyer des renforts pour organiser une telle opération.
Pendant ce temps, à Copenhague, où il compte de nombreux amis, Duckwitz prend contact avec la Résistance danoise. Il se rend même à Berlin pour tenter d'intercepter le télégramme avant qu'il parvienne au quartier général du Führer. Trop tard ! Le 17 septembre, la réponse d'Hitler arrive: la déportation est approuvée. Le soir du 19 septembre 1943, Georg Duckwitz note dans son journal: «Je sais ce que j'ai à faire». Il se rend à Stockholm et informe le Premier ministre suédois Per Albin Hansson, lui demandant d'intervenir auprès de Berlin. Une intervention sans effet.
Duckwitz tente alors d'empêcher la déportation par l'intermédiaire d'amis allemands haut placés. Peine perdue. Il prend ensuite le risque de parler à Werner Best. Tout général SS qu'il est Werner Best est lucide.