De plus petits groupes étaient décapités au sabre ou transpercés à la baïonnette. Cela prenait plus longtemps, même si c'était plus exaltant pour les bourreaux. Cela laissait encore moins de chances de survie, comme le constate un journaliste nippon :
« Alors que je revenais vers la porte Zhongshan, je vis, pour la première fois, un massacre aussi incroyable que brutal. Au sommet de la muraille, haute d'environ 25 m, les prisonniers encerclés formaient une ligne. Ils étaient percés de baïonnettes puis étaient précipités en bas de la muraille. Nombre de soldats japonais astiquaient leurs baïonnettes, poussaient pour eux-mêmes un grand cri, et enfonçaient leur engin dans la poitrine ou le dos des prisonniers. »
Que faire des monceaux de cadavres ? On les jeta parfois au fleuve, mais c'était une lourde tâche. Par conséquent, sur les sites des principales tueries, les corps furent arrosés de gazoline, et sommairement brûlés (même à ce stade il y eut des survivants). Quelques épisodes furent plus baroques, comme ces wagons de marchandises remplis de prisonniers apparemment lancés dans le Yangzi. Mais, comme toujours dans les massacres de cette envergure, c'est la grisaille qui domine, avec une sorte d'effroyable routine. Du vite fait, (assez) mal fait : les héros étaient fatigués, et ils avaient froid.

F. Tillman Durdin (1907-1998), du New York Times, fut l'un des très rares Occidentaux à pouvoir témoigner directement :
« Juste avant d'embarquer pour Shanghai, j'ai observé l'exécution de deux cents hommes sur le Bund. La tuerie prit dix minutes. Les hommes furent alignés contre un mur et fusillés. Ensuite un certain nombre de Japonais, armés de pistolets, marchèrent nonchalamment autour des corps effondrés, logeant des balles dans ceux qui bougeaient encore. Les militaires qui accomplissaient cette horrible tâche avaient invité les matelots du navire de guerre ancré au large du Bund à assister à la scène. Un gros groupe de militaires spectateurs appréciait apparemment grandement le spectacle. »

La plupart des soldats s'étaient rendus sans opposer de résistance, souvent par unités entières, le 13 décembre et les jours suivants. Assez nombreux aussi furent ceux qui désertèrent en endossant l'habit civil, et en tâchant de se fondre au sein des réfugiés. La propagande japonaise (et jusqu'à aujourd'hui les révisionnistes) ont beaucoup insisté sur cette « déloyauté » des soldats chinois, qui aurait en retour suscité des héritiers des samouraïs une vertueuse indignation. Mais il faut bien constater que le sort de ceux qui crurent bon de se fier au droit de la guerre fut exactement le même que celui de ceux qui se méfiaient. Ce fut donc le comportement exorbitant des Japonais qui provoqua les transgressions chinoises, non l'inverse... Même des blessés des hôpitaux furent raflés, brutalisés, entravés sans ménagement et enlevés. Tous, en tout cas, furent promptement rassemblés en groupes de plusieurs centaines ou plusieurs milliers, amenés en bon ordre, sans discrétion particulière, vers des esplanades préparées à l'avance. Là, horrifiés, ils se virent soumis au tir croisé de mitrailleuses, puis achevés si besoin était au pistolet, quand la baïonnette systématiquement enfoncée dans les corps révélait un souffle de vie.

Dès l'entrée des troupes japonaises dans Nankin, les habitants encore présents, et les milliers de réfugiés d'autres localités avec eux pris dans la nasse furent emportés dans un maelström d'exactions diverses, qui faisaient régner une atmosphère d'insécurité totale et permanente, que ce soit pour les biens, pour l'intégrité physique ou pour la vie.